Cuando pasaron los tiempos del paganismo, cuando el cristianismo dejó de ser perseguido y fue reconocido como religión mundial, pareciera que todas las diferencias debían ser resueltas. Pero a veces solo los Concilios Ecuménicos podían resolver conflictos emergentes, refutar enseñanzas heréticas: no había paz ni siquiera dentro de la Iglesia.
El primer Concilio Ecuménico fue el Concilio de Nicea, convocado en 325. La razón de esto fue la enseñanza generalizada del presbítero alejandrino Arrio. Su esencia era negar la identidad entre Dios Padre y Dios Hijo. Argumentó que Jesucristo fue creado por el Señor, pero no es su encarnación. Tal idea refutó fundamentalmente todos los dogmas del cristianismo y, por lo tanto, inicialmente la enseñanza de Arrio fue rechazada por el Consejo Local. Sin embargo, el orgulloso presbítero se negó a reconocer como legítima la decisión del Concilio y siguió conquistando a los fieles.
Entonces el emperador Constantino invitó a obispos de todo el mundo al Concilio Ecuménico en la pequeña ciudad de Nicea (ahora llamada Iznik y ubicada en el territorio de la actual Turquía). Algunos de los representantes de la Iglesia presentes tenían huellas de tortura en sus cuerpos,recibida en nombre del verdadero cristianismo. Los obispos que apoyaban a Arrio también estuvieron presentes.
El debate duró más de dos meses. Durante este tiempo hubo muchas discusiones, discursos de filósofos, aclaraciones de formulaciones teológicas. Según cuenta la leyenda, la manifestación de un milagro divino puso fin a las disputas. Como unidad de tres principios, dio un ejemplo de un fragmento de arcilla: agua, fuego, arcilla dan un todo único. Asimismo, la Santísima Trinidad es esencialmente un solo Dios. Después de su discurso, apareció fuego del fragmento, apareció agua y se formó arcilla. Después de tal milagro, el Concilio de Nicea finalmente rechazó la falsa enseñanza de Arrio, lo excomulgó de la Iglesia, aprobó el Credo y estableció 20 reglas de disciplina eclesiástica, fijó la fecha para la celebración de la Pascua.
Pero este Consejo de la Iglesia no ha puesto fin a este problema. La controversia continuó durante mucho tiempo. Incluso ahora, sus ecos aún se escuchan: el arrianismo formó la base de las enseñanzas de los testigos de Jehová.
Además del Concilio de 325, también hubo el Segundo Concilio de Nicea, convocado por la emperatriz Irene de Constantinopla en 787. Su propósito era abolir la iconoclasia que existía en ese momento. De hecho, la Emperatriz hizo dos intentos de convocar un Concilio Ecuménico. Pero en 786, los guardias que apoyaban a los iconoclastas irrumpieron en el Templo de los Santos Apóstoles en Constantinopla, donde el Consejo comenzó a trabajar. Los santos padres tuvieron que dispersarse.
Habiendo recurrido a considerables trucos, disolviendo la vieja guardia, reclutando nuevas tropas, Irina sin embargo convocó a la Catedral en787, pero lo trasladó de Constantinopla a Nicea. Su trabajo duró un mes, a raíz de sus resultados, se restauró la veneración de los iconos, se permitieron en las iglesias.
Sin embargo, incluso este Concilio de Nicea fracasó en lograr completamente su objetivo. La iconoclasia siguió existiendo. El movimiento iconoclasta finalmente fue derrotado en 843, en el Concilio de Constantinopla.